מערכת אכיפת החוק בצה"ל הינה מעין פירמידה המורכבת משלושה נדבכים, לפי רמות החומרה השונות: בתחתיתה – הצעדים הפיקודיים, הייחודיים לצה"ל בין כל גופי השירות הציבורי, מעליהם – הדין המשמעתי, ומעליו – הדין הפלילי.
צעדים פיקודיים משמעם החלטות מצד הדרג הפיקודי שיש בהן כדי להוות סנקציה ״רכה״ כביכול, אם כי השלכותיה עלולות להיות כבדות ומרחיקות לכת. המאפיינים העיקריים של הצעדים הפיקודיים הם גמישות ומהירות בלא סרבול של הליך פורמלי – הדורש מצידו פרוצדורה תהליכית ועמידה ברף ראייתי משמעותי, אם כי בהליכים פיקודיים נדרשות ראיות מינהליות בסיסיות לפחות שיהיו בסיס למתן ההחלטה הפיקודית. ככל שההחלטה הפיקודית חריפה יותר, כך תוקף הראיה המינהלית צריך להיות משמעותי יותר; מידתיות יחסית של ההחלטה, תוך הכרח להימנע מפגיעה יתרה ושאינה מתחייבת בזכויות של החייל או של משרת המילואים; וכן העובדה כי מדובר גם בצעד צופה פני עתיד, שאחת מתכליותיו היא ערכית, ולא רק ענישתית, מתוך רציונל של שמירה על היררכיה, משמעת ותדמית הצבא. הצעדים הפיקודיים, שדרכי מימושם קבועים בפקודות הצבא, נעים בין שיחת מפקד ונזיפה, ועד מניעת חופשות או העברה והדחה מתפקיד, ובמקרי הקיצון גם משירות בכלל. ככל שהסנקציה קשה יותר, כך גוברת האפשרות המשפטית להתמודד עימה.
הדין המשמעתי הוא גם כלי פנימי (הקיים גם בשירות המדינה בכלל), אמנם בעל מאפיינים פורמליים רבים יותר, אך עדיין השימוש בו משקף ענישה מטעם המערכת הצבאית, ולא מטעם המדינה כולה. הסיבה לכך היא שהפגיעה שמטופלת באמצעות הדין המשמעתי היא בעיקר בנורמה צבאית (אם כי לעתים הערך המוגן שנפגע הוא ציבורי, ולאו דווקא צבאי, אולם בכל אותם המקרים לא היה נעשה שימוש בכלי פלילי ב"אזרחות"). הדין המשמעתי פורמלי יותר בהשוואה לצעדים הפיקודיים, וגם התהליך בו מובנה וסדור, ובהתאמה – חומרת העונשים האפשריים בו והפגיעה הפוטנציאלית בזכויות הנדון גבוהות משמעותית (עונש מחבוש, קנסות כספיים, הורדה בדרגה). תחולת הדין המשמעתי מעוגנת בחוק השיפוט הצבאי הקובע את המסגרת ואת הכללים המחייבים ואת תקרות הענישה. בפרקליטות הצבאית קיים מדור הדין המשמעתי שתפקידו לפקח על תקינות ועל מקצועיות ההליך המשמעתי, תוך טיפול בעררים המוגשים מטעם חיילים ומייצגיהם בנוגע להליך.
הדין הפלילי בצה"ל – העומד בראש הפירמידה מבחינת החומרה והמשמעויות המשפטיות, הוא המוצא האחרון שבו נעשה שימוש כאשר המעשים האסורים חמורים יותר. אם בשתי המערכות הראשונות מטרת הצעדים שננקטים היא להביא לידי ביטוי את היתרונות של "הטיפול בבית" בתוככי הצבא, באופן זריז ובמינימום פרוצדורה, הרי שבמקרה של הדין הפלילי, קמה תמונת ראי כאשר ההליך המשפטי פורמלי ומובנה, וצריך להתקיים במדוקדק לפי הכללים שבדין – חוק השיפוט הצבאי, פקודת הראיות, חוקים אחרים הקובעים סדרי דין, זכויות וחובות וכן פסיקת בתי המשפט ובתי הדין הצבאיים.
ההליך הפלילי בצבא מקוים בתווך שבין התביעה הצבאית לבית הדין הצבאי, בפני שופטים צבאיים – בהם שופטים משפטנים מקצועיים ומפקדים הממונים להיות ״שופטי צד״. כפועל יוצא מן החובה להבטיח ניטרליות ובחינה מקצועית בלתי תלויה, גם גורמי החקירה – מצ״ח – וגם התביעה הצבאית הם עצמאים ואינם חלק מהשרשרת הפיקודית של החייל ומפקדיו. השופטים המשפטנים בבתי הדין הצבאיים מתמנים ע"י נשיא המדינה באופן דומה לשופטים באזרחות והתביעה הצבאית היא גוף מקצועי בפרקליטות הצבאית. עם זאת, לא יהיה זה נכון להגדיר את מערכת המשפט הצבאית כמנותקת מרוח הצבא ומצורכי הצבא. ההיפך הוא הנכון, אחד מן האתגרים המלווים את המערכת הוא מתן מענה לאופי הצבאי הייחודי, שדורש לעתים הקפדה גבוהה יותר על משמעת, ביטחון ומוכנות – ובין הקפדה מתחייבת על זכויות הנאשם.
ההליכים הפליליים, שמתחילים בחקירה פלילית, עלולים להיות מלווים גם במעצר ובצמתים משמעותיים, כמו שימוע לפני הגשת כתב אישום, טענות מקדמיות, גדר כפירה, משא ומתן להסדר טיעון, גישור פלילי או ניהול המשפט כולו – ויש חשיבות רבה לייצוג משפטי מקצועי על ידי סנגור הבקיא בדין הצבאי במועד המוקדם ביותר האפשרי.