בצבא יש שתי מערכות נפרדות ומקבילות להתוויית נורמות ולאכיפתן: מערכת המשפט הפלילי ומערכת הדין המשמעתי. אלה מערכות נבדלות עם קווי דמיון ושוני, שנוצרו בהתאם לנורמות השונות ואופיין.
הדין הפלילי אמון על טיפול בעבירות שיש בהן מידה כללית של אנטי-חברתיות. הכלי הפלילי הוא כלי חריף וחמור, שנועד למקרים במדרג חומרה בינוני ומעלה. ההליכים הפליליים מופעלים בצבא גם ביחס לעבירות צבאיות ייחודיות וגם ביחס לעבירות פליליות ״כלליות״ שחלות גם ביחס לאזרחים. הוא מופעל בצבא ככלל ביחס לחיילים כאשר יש זיקה בין המעשה הפלילי לבין השירות הצבאי.
הדין המשמעתי לעומת זאת, נועד לטפל בעיקר באכיפה של נורמות בעלות היבט צבאי-ארגוני פנימי או בעבירות קלות יותר, שאינן מצדיקות שימוש בכלי הדרקוני של ניהול הליך פלילי נגד נאשם, על המשמעויות הנלוות לכך.
כאשר מתנהלת חקירה פלילית במצ"ח נגד חייל, בסופו של דבר תיק החקירה יועבר ככלל עם סיום החקירה לבחינה של התביעה הצבאית. שם תתקבל לבסוף אחת משלוש ההחלטות הבאות: להגיש כתב אישום נגד החייל, להורות על דין משמעתי נגדו (או על הליך פיקודי אחר) או להורות על סגירת תיק החקירה.
מתי תיק חקירה ינותב למסלול המשמעתי? הדבר יקרה לרוב במקרים שבהם העבירות שעלו מהחקירה הן במדרג החומרה הנמוך באופן יחסי ואינן מתאימות לערוץ הפלילי. גם כאשר העבירה שנחקרה לכתחילה הייתה חמורה, אך לא נאספו ראיות לבסס אותה, אלא ״רק״ עבירה פחות חמורה, לא פעם יופנה התיק לטיפול משמעתי.
חשוב לציין כי גם התביעה הצבאית ראתה להגיש כתב אישום נגד החייל, עדיין עומדת האפשרות לפנות לתביעה (ובמידת הצורך גם בהשגה לסגן הפצ״ר) בבקשה מנומקת להורות על ביטול כתב האישום ועל העברת התיק לערוץ המשמעתי. בקשה כזו תיסוב לרוב על היבטים של קשיים בראיות, של נסיבות אישיות של הנאשם ושל מדיניות העמדה לדין.
פעמים רבות ניתן יהיה לתמוך את הטיעון לבקשה כזו במקרים אחרים, דומים, שבהם הוחלט לפנות לאפיק הפיקודי ולא לאפיק הפלילי. ככל שגם הטענה הזאת תידחה, ניתן יהיה לטעון במקרים המתאימים, במסגרת טיעוני הגנה מן הצדק בבית הדין הצבאי, כי יש בעצם ניהול ההליך הפלילי עיוות היורד לשורשו של ההליך בשל האפליה החמורה הכרוכה בכך, ולבקש מבית הדין להורות על ביטול האישום.
